Сюжет повествует о приключениях вампира Алукарда, состоящего на службе Королевского Ордена Протестантских Рыцарей — Организации «Хеллсинг» во главе с «железной леди» Интегрой Фэйрбрук Вингейтс Хеллсинг — правнучкой самого Абрахама Ван Хельсинга. Впрочем, манга не имеет конкретного главного героя и повествует о противоборстве трех организаций: Хеллсинг, 13 отдела Ватикана — организации Искариот — и «Последнего батальона» Миллениума.

Алукарда на долгое время заточили в подвалах родового поместья Хеллсингов и, после смерти главы Ордена, он сыграл немалую роль в жизни маленькой Интегры, когда спас её от претендующего на положение наследника дяди. «Освободив» вампира, Интегра стала единственной полновластной его хозяйкой. В дальнейшем Алукард составляет основную силу тайной организации, сражаясь как с вампирами-преступниками, так и с враждебно настроенными к Хеллсингу и Интегре организациями или отдельными людьми, попутно ища настоящего противника — вампира, по силе подобного себе.